上海交通大学马克思主义学院成立于2009年6月，承担全校博士生、硕士生、本科生的思想政治理论课教学和管理，负责马克思主义理论学科建设，组织开展马克思主义理论教学和研究。2016年5月，成为首批上海高校示范马克思主义学院建设单位。
学院共设六个教研室和三个研究中心，六个教研室分别是“马克思主义理论基本原理概论”课教研室、“毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论”课教研室、“中国近现代史纲要”课教研室、“思想道德修养与法律基础”课教研室、“形势与政策”课教研室、研究生思想政治理论课教研室；三个研究中心分别是马克思主义理论研究中心、中国特色社会主义理论体系研究和教育中心、领导力国际研究中心。
学院拥有优秀科研和教学团队，有中央马克思主义理论研究和建设工程首席专家、国务院学位委员会学科评议组成员、教育部社会科学委员会委员、教育部高校思想政治理论课教学指导委员会委员，有国家级教学名师、全国优秀思想政治理论课教师、教育部思想政治理论课年度影响力人物、教学能手等。
学院坚持“教学立院、人才兴院、学术强院、制度建院、开放办院”的办学理念，正全力建设全国一流的教学研究型马克思主义学院。
1949年，国立交通大学在教务处下设政治科（后更名为政教科、马列主义基础教研室），开设社会发展史讲座。
1954年，交通大学设立政治辅导处，建立马列主义教研组，负责政治理论课教学并组织对教职工和学生的形势任务教育。
1958年，交通大学部分西迁，留沪部分（与上海造船学院、南洋工学院、上海第一师范学院）组建上海交通大学马列主义教研组（1966年因文革被解散，1976年重组），系统讲授马克思主义理论课。
1985年，在原马列主义教研室和德育教研室基础上成立社会科学及工程系，承担全校马克思主义理论课和思想品德教育课的教学，发展新专业。
1997年，组建人文社会科学学院（后更名为人文学院），设“两课”教育中心，后更名为“思想政治理论教育中心”。
2009年，以原人文学院“思想政治理论教育中心”为主体成立马克思主义学院，为学校独立的思想政治理论课教学科研二级机构。2016年5月，成为首批上海高校示范马克思主义学院建设单位。2018年，马克思主义理论学科成功新增为博士学位授权一级学科点。
2018年初，经学校批准，成立了马克思主义学院培训中心，主要从事党政干部、企事业单位管理者以及企业家培训业务。
